ヒトの腸内微生物から新たなウイルス様物質が発見される…配列データベースの解析により、”オベリスク “と名付けられた新規の環状RNAゲノムが発見された
以下は、記事の抜粋です。
生物学者は、植物、動物、微生物から大量の遺伝子配列を収集して分析するにつれて、生命の定義そのものに疑問を呈する可能性のあるものを含む驚きに遭遇し続けています。今週報告された最新のものは、人間の口や腸内に生息する細菌に生息する新種のウイルスのような存在である。スタンフォード大学の発掘チームが発見した「オベリスク」は、RNAのループで構成されていると思われるゲノムを持ち、オベリスクと思われる配列が世界中で発見されている。
オハイオ州立大学のマシュー・サリバン氏によると、オベリスクが人間の健康に影響を与えるかどうかはまだ不明だが、オベリスクは細菌宿主の遺伝子活性を変化させる可能性があり、それがひいては人間の遺伝子に影響を与える可能性があるという。
インフルエンザ、エボラ出血熱、新型コロナウイルス感染症（COVID-19）を引き起こすウイルスを含む200以上のウイルスは、RNAのみで構成されるゲノムを持っています。それらのゲノムには、ウイルスの殻とリボザイムを構成するタンパク質をコードする配列が含まれており、リボザイムはウイルスが細胞内に入ると元の RNA をコピーできるようにする酵素です。
ウイルスが生物かどうかについては、科学者たちは今でも議論している――ウイルスは宿主細胞の分子から独立して複製できない――しかし、さらに単純な「生き物」も存在する。20 世紀初頭、植物病理学者は、ウイルスの典型的なタンパク質の殻を持たない 感染性環状RNAであるウイロイドを発見しました。ウイロイドゲノムはタンパク質をコードしていない。ウイロイドは、植物のゲノムを障害するため、多くの関心を集めています。たとえば、ジャガイモ、キク、その他の作物や花の発育阻害や変形を引き起こします。
ウイロイドは植物に限定されると長い間考えられていたが、最近、動物、細菌、その他の生命体由来の配列データベースの中でウイロイド様の環状 RNA ゲノムの証拠がいくつか見つかっている。未発見の RNA ゲノムの新たな探索において、スタンフォード大学のAndrew Fire氏と大学院生のIvan Zheludev氏らは、ヒトの体内に生息する微生物のゲノムカタログを解析して、環状を形成すると予測される RNA 配列 (構造) を解析する洗練されたソフトウェアを開発しました。
彼らの検索では、それぞれ約 1000 塩基からなり、おそらく別個のオベリスクを表す 30,000 近くの予測 RNA サークルが得られました。RNAウイルスは通常、より多くの塩基を持っているため、それらは本物のウイルスである可能性は低いと研究チームは結論づけた。しかし、オベリスク配列の一部は RNA 複製に関与するタンパク質をコードしており、標準的なウイロイドよりも複雑になっています。しかし、ウイロイドと同様、オベリスクは殻を構成するタンパク質をコードしていない。
調査されたヒトの微生物データベースの中で、オベリスク配列はヒトの腸内細菌の 7% と人間の口の中の細菌の半分で見つかりました。そして、体のさまざまな部分の微生物のオベリスクには独特の配列があると、Fire らの研究者らは、bioRxiv に 1 月 21 日に投稿されたプレプリントで報告しています。オベリスクには、これまでに他の生物で発見されているものとは異なる遺伝子が含まれているため、「ヒトおよび地球規模のマイクロバイオームに定着し、気付かれずに存在する多様なRNAのクラスを構成している」と研究チームは書いている。
まだまだ分かっていないことがあるということが良くわかりました。
ヒトの腸内やその他の場所に存在する微生物は、その機能が謎に包まれている不可解なRNAの輪を持っている。
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