Clinical Metagenomic Sequencing for Diagnosis of Meningitis and Encephalitis
以下は、論文要約の抜粋です。
背景：髄膜炎や脳炎患者の脳脊髄液（CSF）のメタゲノム次世代シークエンシング（NGS）を1回行うことで、広範囲の病原菌を同定できる可能性がある。
方法：1年間の多施設における前向き試験を行い、入院患者の感染性髄膜炎・脳炎の診断に対するCSFのメタゲノムNGSの有用性を調べた。メタゲノムNGSで病原体陽性だったすべての試験結果は、他の試験方法により確認を行った。
結果：8ヵ所の医療機関において、204例の小児と成人患者が試験に参加した。患者は重症で、48.5％が集中治療室に入院しており、被験者全体の30日死亡率は11.3％だった。残りの45件（78％）のうち、メタゲノムNGSで診断が一致したものは19件だった。57例における58件が中枢神経系感染症と診断された（27.9％）。これら58件の感染症のうち、前の病院の臨床検査では同定されなかったが、メタゲノムNGSにより同定された件が13件（22％）あった。残りの45件（78％）のうち、メタゲノムNGSで診断が一致したものは19件だった。メタゲノムNGSで同定されなかった26件中、11件は血清学的検査でのみ診断され、7件はCSF以外の組織検体で診断され、8件は、CSF中の病原体のタイターが低く、メタゲノムNGSでは陰性だった。メタゲノムNGSのみで診断された13件のうち、8件は臨床効果が得られたと考えられ、7件は治療方針が示された。
結論：通常の微生物学的検査は、神経系に感染する病原菌をすべて検出するには不十分である。本研究では、髄膜炎や脳炎患者から得られた脳脊髄液（CSF）のメタゲノム次世代シークエンシング（NGS）を行うことで中枢神経系感染症の診断を改善し、症例によっては治療のための有益な情報が得られることが明らかになった。
現在は感染症を引き起こす原因菌の同定は主に培養検査などで行われていますが、結果が得られるまでに日数がかかり、迅速な診断ができないことが問題の1つです。NGSを使えば、本論文のように診断精度が向上するだけでなく、診断スピードも速くなる可能性があります。NGSの臨床応用としては、最も有望なものの一つだと思います。
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